1199 wurde Bergtheim, damals noch Bergere genannt, erstmals schriftlich erwähnt. Dies ist im Gründungsbuch des Stifts St. Jakob in Bamberg dokumentiert.

Da Bergtheim zu den Lehengütern des Bistums Würzburg gehörte wurde der Ort in den folgenden Jahrhunderten oftmals erwähnt. In diesem Zeitraum änderte sich der Ortsname noch mehrmals, bis er schließlich im jetzigen Bergtheim endete.
1357 erscheint erstmals die Familie Seckendorff mit Lehen in Berger. Um 1530/50 erfolgte der Verkauf an die Wirsberg. Spätere Besitzer des Rittergutes waren u.a. auch die Hohenlohe, sowie der Graf v. Castell. 1705 ging der Besitz an den castellischen Amtsvogt Kraußenberger über. Zu Beginn des 18. Jahrhunderts wächst der Weiler zum Dorf (Peuplierungspolitik).
Zu Beginn des 19. Jahrhunderts wird das Schloßgut zertrümmert und somit den ortsansässigen Bauern die Möglichkeit zum Grunderwerb aus dem Gut gegeben. Die Ortschaft zählt inzwischen 22 Anwesen.

Eine landwirtschaftliche Prägung hielt der Ort noch bis in die sechziger Jahre des letzten Jahrhunderts bei. Durch die zunehmenden Arbeitsplätze im Handwerk und der Industrie in den größeren Orten in der Umgebung wurde die Landwirtschaft immer mehr zurückgedrängt. Inzwischen existiert kein landwirtschaftlicher Vollerwerbbetrieb mehr. 1971 erfolgte die Eingemeindung des bis dorthin selbstständigen Ortes nach Gutenstetten. In Bergtheim leben derzeit ca. 150 Personen. Das Zusammenleben wird auch durch die ortsansässigen Vereine geprägt.

Anläßlich der 800 Jahrfeier Bergtheims (1199 – 1999) wurde im Selbstverlag des Schützenvereines unter der Regie des damaligen Kreisheimatpflegers Heinz Kühlwein ein Buch veröffentlicht. Das Spektrum des 166-seitigen Bandes erstreckt sich von der ersten urkundlichen Nennung über die verwaltungsmäßige und politische Entwicklung bis in die Gegenwart. Ein ausführlicher Bereich wurde den Menschen und Anwesen des Ortes gewidmet. Das Buch erzählt anschaulich vom Leben und Arbeiten in Haus, Hof, Feld und Flur. Es ist deshalb für jeden Leser eine interessante Heimatliteratur.
Das Heimatbuch ist über die Neustädter Buchhandlungen sowie beim Schützenverein Bergtheim zu beziehen.

Die ISBN-Nr. lautet: 3-87707-545-2. Interessenten wenden sich bitte an den 1. Bürgermeister Gerhard Eichner.